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Quali varianti del coronavirus SARS-CoV-2 sono state considerate degne di attenzione?

Testo aggiornato il 2021-06-23


Variante VoC 202012/01, conosciuta anche come B1.1.7 o variante britannica o variante Alpha: vedi domanda Cosa si sa della variante britannica?.

La mutazione D614G che è all'origine della linea B.1

D614G è la mutazione di SARS-CoV-2 più diffusa in Europa (ad eccezione dell'Islanda). Questa mutazione colpisce la proteina Spike e sembra aumentare l'affinità della proteina Spike per i recettori ACE2. Questa variante è diversa dalla sequenza originale del coronavirus identificata a Wuhan, in Cina, nel dicembre 2019. Sembra che sia emersa in Cina per poi diffondersi in Italia nel gennaio 2020 e nel resto dell'Europa, negli Stati Uniti, in Canada e in Australia. Nel gennaio 2021, questa variante è diventata la forma predominante del coronavirus, la forma pandemica. Questa mutazione, descritta nell'aprile 2020, è stata al centro dell'attenzione da parte dei media per il suo potenziale effetto nell'aumento della trasmissibilità della variante rispetto alla forma originale. Ad oggi non si conosce con certezza la causa della diffusione di questa variante, che probabilmente è un misto di casualità e selezione naturale.

La variante Cluster 5

Questa variante è stata rilevata nel novembre 2020 in Danimarca. Contiene 4 mutazioni che influenzano la proteina Spike, tra cui le mutazioni Y453F e 69-70del. Questa variante è stata identificata in dei visoni che hanno poi contagiato dei lavoratori negli allevamenti di visoni. Questa scoperta ha portato all'eutanasia di tutti i visoni danesi per paura che questa variante rendesse inefficaci i vaccini in fase di sviluppo e per impedire che il visone diventasse un potenziale serbatoio in cui potessero nascere nuove varianti.

La 501v2 o B.1.351 o variante Beta

Questa variante sarebbe emersa nell'agosto 2020, nel sud-est del Sudafrica, prima di diffondersi verso Città del Capo, verso ovest e nord in direzione di Durban. Questa variante ha 8 mutazioni che hanno un effetto sulla proteina Spike, tra cui E484K, K417N e N501Y, che si trovano in punti chiave della proteina. Queste mutazioni potrebbero aumentare la trasmissibilità e ridurre la risposta immunitaria che risulta dal vaccino.

La variante P.1 o B.1.1.248 o Gamma

Questa variante è stata descritta per la prima volta in Brasile nel dicembre 2020. Ha 10 mutazioni sulla proteina Spike, comprese le mutazioni N501Y e E484K.

Le varianti B.1.617.2 o Delta, e B.1.617.1 o Kappa

Queste varianti sono state descritte per la prima volta in India nell'ottobre 2020. Contengono diverse mutazioni sulla proteina Spike, comprese le mutazioni L452R e E484Q.

Come limitare la diffusione di varianti più trasmissibili?

Per rallentare la diffusione del COVID-19 e per limitare la propagazione di varianti che possono essere anche più trasmissibili, è molto importante che rimaniamo tutti estremamente vigili. Indossate una mascherina ben filtrante e ben sigillata intorno al viso (vedi domanda Perché usare la mascherina? e la domanda Mascherina chirurgica o in tessuto: quale scegliere?). Rispettate le distanze di sicurezza, lavatevi le mani regolarmente, cambiate l'aria nelle stanze e naturalmente evitate la folla.


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Fonti

Questo studio ricostruisce la propagazione della variante che è all'origine della linea B.1 con la mutazione D614G, che modifica la proteina Spike. Questa mutazione è stata inizialmente osservata in Cina e in Germania alla fine di gennaio 2020. A partire da marzo 2020, sia la forma mutata (variante B.1) che la forma non mutata erano presenti in Europa. Nell'aprile 2020, quando la variante B.1 è diventata dominante in Europa, questa era presente nel 78% dei genomi sequenziati di SARS-CoV-2 . La comparsa della variante è avvenuta in modo asincrono in diverse regioni del mondo, inizialmente in Europa (ad eccezione dell'Islanda), poi in Nord America, Oceania ed infine in Asia. Lo studio di 999 pazienti (tra cui 756 portatori della variante) nel Regno Unito ha dimostrato che la variante è associata a carichi virali più elevati, ma non ha effetto sulla gravità della malattia COVID-19. Per esaminare se questa variante fosse più trasmissibile, gli autori hanno creato dei pseudovirus che avessero la proteina Spike con o senza la la mutazione D614G. Hanno dimostrato che lo pseudovirus contenente la mutazione era associato ad una maggiore infettività.

Korber, B., Fischer, W. M., Gnanakaran, S., Yoon, H., Theiler, J., Abfalterer, W., ... & Montefiori, D. C. (2020). Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus. Cell, 182(4), 812-827.

Studio della diffusione e della prevalenza nel Regno Unito della variante di SARS-CoV-2 con la mutazione D614G tra più di 25.000 genomi sequenziati. I risultati non permettono di arrivare a delle conclusioni sui meccanismi responsabili della diffusione della variante: potrebbe essere un vantaggio selettivo o solamente l'effetto del caso. I ricercatori non hanno trovato differenze cliniche di gravità della malattia o di mortalità tra le persone infette con una o l'altra forma del coronavirus. La variante D614G è associata ad una maggiore carica virale e ad una minore età dei pazienti rispetto alla forma non mutata.

Volz, E., Hill, V., McCrone, J. T., Price, A., Jorgensen, D., O’Toole, Á., ... & Allan, J. (2020). Evaluating the effects of SARS-CoV-2 Spike mutation D614G on transmissibility and pathogenicity. Cell.

I criceti infettati dal virus SARS-CoV-2 portatore della mutazione D614G producono titoli infettivi più elevati nei lavaggi nasali e tracheali ma non nei polmoni, il che supporta l'evidenza clinica che la mutazione aumenta le cariche virali nel tratto respiratorio superiore dei pazienti con COVID-19 e può aumentare la trasmissione.

Plante, J. A., Liu, Y., Liu, J., J., Xia, H., Johnson, B. A., Lokugamage, K. G., ... e Shi, P. Y. (2020). La mutazione Spike D614G altera il fitness SARS-CoV-2 . Natura, 1-6.

La prevalenza complessiva di D614G è associata alla prevalenza della perdita dell'olfatto (anosmia) come sintomo di COVID-19.

Butowt, R., Bilinska, K., & Von Bartheld, C. S. (2020). Disfunzione chemosensoriale in COVID-19L'integrazione di dati genetici ed epidemiologici indica la variante della proteina D614G Spike come fattore che contribuisce. ACS chemical neuroscience, 11(20), 3180-3184.

Le analisi preliminari suggeriscono che la variante di SARS-CoV-2 isolata dal visone in Danimarca, la variante del Cluster 5, può essere meno facilmente neutralizzata dagli anticorpi prodotti dai pazienti precedentemente infettati dal coronavirus SARS-CoV-2 senza queste mutazioni. Infatti, due delle mutazioni della variante del Cluster 5 (69-70del e Y453F) localizzate sulla proteina Spike potrebbero rendere più difficile il legame degli anticorpi con il coronavirus e permettere al coronavirus di sfuggire al sistema immunitario. L'effetto è stato piccolo e osservato in una piccola popolazione. Ma ha causato una diffusa preoccupazione nei media, suggerendo che i vaccini in fase di sviluppo potrebbero perdere efficacia con questa variante.

Lassaunière R, Fonager J, Rasmussen M et al (2020) SARS-CoV-2 Mutazioni di picco che si verificano nei visoni danesi e la loro diffusione nell'uomo

Questo studio descrive la variante 501Y.V2 rilevata in Sudafrica e sequenziata il 14 dicembre 2020. Analisi dei dati acquisiti nella sorveglianza di routine fino al 14 dicembre 2020 (numero di pazienti, numero di decessi, ecc.) e dei 2589 genomi di SARS-CoV-2 raccolti tra il 5 marzo e il 25 novembre 2020. Le analisi suggeriscono che la variante sia apparsa nell'agosto 2020 e poi si sia diffusa. Tra il 15 ottobre e il 25 novembre sono state rilevate 190 sequenze contenenti la variante 501Y.V2, che è diventata la variante più diffusa nelle province a est e a ovest di Città del Capo.

Tegally, H., Wilkinson, E., Giovanetti, M., Iranzadeh, A., Fonseca, V., Giandhari, J., ... & de Oliveira, T. (2020). Emersione e rapida diffusione di una nuova grave sindrome respiratoria acuta correlata al coronavirus 2 (SARS-CoV-2) con mutazioni multiple di Spike in Sud Africa. medRxiv.

Elenco di SARS-CoV-2

OMS

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