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Qual è il test di riferimento per scoprire se sono infetto da CoV-2-SARS?

Testo aggiornato al 2020-04-30


Per scoprire se siamo infettati dal coronavirus, possiamo cercare la presenza di materiale genetico specifico di questo virus. Il test standard convalidato dall'OMS si basa sul metodo RT-qPCR per rilevare la sequenza genetica del virus SARS-CoV-2. Il test PCR di riferimento è: 1) da effettuare in anticipo per limitare i falsi negativi, 2) da effettuare indipendentemente dalla gravità dei sintomi - questo riflette una strategia di salute pubblica e non individuale, 3) se il sospetto clinico è forte, si raccomanda di isolare anche se il test è negativo. Altri test stanno ora emergendo per lo screening. Si veda la domanda "Quali approcci potrebbero accelerare lo screening su larga scala? ».

Occorre distinguere tra i test per la rilevazione del virus in campioni orali o rinofaringei che consentono di sapere se si è infettati dal virus (vedere « Qual è il test di riferimento per sapere se sono infetto da SARS-CoV -2? »), dai test sierologici che ti permettono di sapere se sei stato infettato dal virus rilevando la nostra risposta immunitaria nel sangue (vedi « Quali sono i test per scoprire se ho già avuto COVID-19? » ).

I test di rilevamento del virus possono essere molto sensibili grazie ad un processo di amplificazione del virus (metodo classico detto Reverse Transcription Quantitative PCR o "RT-qPCR" o metodo recente di Reverse Transcription Loop-mediated isothermal AMPlification o metodo "RT-LAMP"), o meno sensibili se il virus viene rilevato senza amplificazione (si tratta dei cosiddetti test "antigenici").

Quando effettuare il test per il virus? Il test PCR indica la presenza di materiale virale solo durante l'infezione. Una persona che è stata infettata in passato e successivamente guarita, a volte, dopo giorni o settimane dai sintomi, risulterà negativa al test RT-qPCR. Una persona che è stata infettata in passato e successivamente guarita sarà negativa al test RT-qPCR, a volte diversi giorni o settimane dopo la comparsa dei sintomi, ma può diventare positiva al test sierologico che mostra anticorpi contro il virus. Come identificare con certezza un caso COVID-19 e identificare i casi di contatto? Se ci sono sintomi: il test RT-qPCR deve quindi essere eseguito precocemente, indipendentemente dalla gravità. Se non ci sono sintomi: si consiglia di attendere circa 5 giorni dopo il contatto. Vedi domanda " Quanti giorni dopo un contatto per fare un test COVID ?».

Cosa viene prelevato per rilevare il virus? I test di riferimento correnti sono tipicamente eseguiti su tamponi nasofaringei utilizzando un tampone inserito abbastanza profondamente nella cavità nasale. Tuttavia, l'espettorato salivare contiene molte particelle virali e poiché il tampone è autonomo e a basso rischio, viene utilizzato in diversi paesi come il Giappone o gli Stati Uniti. Autorizzato alla fine di settembre dall'Autorità Nazionale Francese per la Salute solo per i pazienti sintomatici, questo metodo di campionamento purtroppo non è ancora usato abitualmente in Francia.

Quale tecnica viene utilizzata per testare la COVID-19 ? I test di riferimento si basano sulla tecnica di rilevamento del materiale genetico del virus mediante PCR, nota in gergo come "RT-qPCR".

Quali sono i passi per individuare il virus? Il trattamento dei campioni, sia rinofaringei che buccali, inizia con l'inattivazione del virus, prima dell'estrazione del materiale genetico del virus, l'RNA. Poi, per l'analisi della saliva, i campioni devono essere fluidificati. In Francia, il protocollo di riferimento per il rilevamento dell'RNA virale si basa quindi su un'amplificazione RT-qPCR in un solo passaggio sviluppata presso il centro nazionale di riferimento dell'Institut Pasteur e dell'Organizzazione Mondiale della Sanità. L'amplificazione RT-qPCR mira a due regioni specifiche del virus e, per alcuni test, a una regione genomica specifica delle cellule del paziente. Questa sequenza umana permette di convalidare sia l'origine del campione che la qualità dei campioni e di standardizzarli l'uno rispetto all'altro. In questo modo si evitano errori falsi negativi dovuti a un campionamento errato. Una gamma standard di RNA virale sintetico permette di quantificare il numero di molecole di RNA nei campioni di SARS-CoV-2. Tuttavia, viene usato raramente e i risultati non danno la reale carica virale. Questo protocollo richiede almeno 3 - 4 ore dall'inizio dell'elaborazione del campione fino all'ottenimento del risultato del test in laboratorio.

Da dove vengono i falsi negativi? Se il campione viene prelevato in modo errato, è possibile che il risultato del test sia negativo anche se la persona è infetta: questi errori sono chiamati "falsi negativi". Questo può accadere se il campione è stato prelevato in modo errato, ma può anche accadere con un buon campione. Infatti, in alcuni pazienti COVID-19, il virus non viene rilevato nelle secrezioni nasali o faringee, il virus non viene rilevato nelle secrezioni nasali o faringee mentre si trova nel liquido polmonare. Le molteplici ragioni che portano a falsi negativi indicano che è necessaria grande cautela. Anche se il test è negativo, i segni clinici possono portare a sospettare la COVID-19 e richiedere l'isolamento prima di eseguire ulteriori test.


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Fonti

Le prime cinetiche della carica virale di SARS-CoV-2 in pazienti ospedalizzati in un ospedale di Monaco (Germania, 1 aprile 2020) rivela che le particelle virali infettive sono facilmente isolate in campioni dalla gola o dai polmoni, ma non dalle feci, nonostante le alte concentrazioni di RNA virale. L'analisi dei campioni di sangue e di urina non ha mai rivelato alcun virus.

Wölfel, R., Corman, V. M., Guggemos, W., Seilmaier, M., Zange, S., Müller, M. A., ... & Hoelscher, M. (2020). Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature, 1-10.

L'analisi della trasmissione della COVID-19 rivela che molte infezioni si verificano prima o all'inizio dei sintomi, che il periodo di incubazione è breve e che molti test PCR hanno portato a falsi negativi quando una persona infetta non viene rilevata.

Böhmer, M. M., Buchholz, U., Corman, V. M., Hoch, M., Katz, K., Marosevic, D. V., Böhm, S., Woudenberg, T., Ackermann, N., Konrad, R., Eberle, U., Treis, B., Dangel, A., Bengs, K., Fingerle, V., Berger, A., Hörmansdorfer, S., Ippisch, S., Wicklein, B., Grahl, A., … Zapf, A. (2020). Investigation of a COVID-19 outbreak in Germany resulting from a single travel-associated primary case: a case series. The Lancet. Infectious diseases, 20(8), 920–928.

Un'analisi che confronta i risultati di oltre 50 laboratori in Austria che utilizzano gli stessi campioni di virus inattivati mostra che, mentre i risultati del test PCR di riferimento sono coerenti per i campioni con elevata concentrazione di virus, questo non è il caso per i campioni con bassa concentrazione di virus:

Görzer, I., Buchta, C., Chiba, P., Benka, B., Camp, J. V., Holzmann, H., Puchhammer-Stöckl, E., & Aberle, S. W. (2020). First results of a national external quality assessment scheme for the detection of SARS-CoV-2 genome sequences. Journal of clinical virology: the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology, 129, 104537.

L'RNA di SARS-CoV-2 non si trova nel sangue dei pazienti asintomatici e minimamente sintomatici, rendendo trascurabile il rischio di contaminazione trasfusionale.

Corman, V. M., Rabenau, H. F., Adams, O., Oberle, D., Funk, M. B., Keller-Stanislawski, B., Timm, J., Drosten, C., & Ciesek, S. (2020). SARS-CoV-2 asymptomatic and symptomatic patients and risk for transfusion transmission. Transfusion, 60(6), 1119–1122.

Studio tedesco su 49 bambini di età compresa tra 0-10 anni, 78 persone di età compresa tra 11-20 anni e più di 3'000 adulti di tutte le età, tutti risultati positivi al coronavirus SARS-CoV-2 tra gennaio e aprile 2020. L'analisi della carica virale in base all'età dei pazienti rivela valori simili per le persone giovani e asintomatiche come per le persone più anziane e sintomatiche:

Jones, TC, Mühlemann, B, Veith, T, Biele, G, Zuchowski, M, Hoffmann, J, Stein, A, Edelmann, A, Max Corman, V, Drosten, C. An analysis of SARS-CoV-2 viral load by patient age. medRxiv 2020.06.08.20125484.

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